1929年，「北平同仁堂京都樂家老舖」在南京設立分號。在樂家後人樂篤周的努力下，南京同仁堂正式成立。及後南京同仁堂在抗戰期間及戰後國家發展一直貢獻良多。時至今日，南京同仁堂在多次的變革與公司重組後，業務重心落在經營非藥業的大健康領域，但仍然恪守祖訓，以優質食材匠心熬製出各種健康食品。